楼主，如果你觉得有入侵问题但是自己无法诊断，可以通过把自己的系统日志贴出来的方式让大家诊断。
如果当时有人登陆你的机器，你应该可以通过who命令查看当前系统的登录用户。可以通过write命令发送信息给相应的账号。也可以通过杀死和外部通信的进城来踢出可疑的帐号。
系统日志的位置一般是在/var里边，至于具体是哪个log文件，这要看具体是哪个发行版。
建议你不要匆匆重装，问题不解决，重装也许不能阻止再次入侵。